生化柴油与矿物柴油相比有其无法比拟的性能特点，其表现在以下几方面：
1、具有较好的低温发动机启动性能，无添加剂冷滤点即可达-10℃。
2、具有较好的润滑性能，使喷油泵、发动机缸体和连杆的磨损率低。
3、由于闪点高于矿物柴油，生物柴油不属于危险品。因此，在运输、储存、使用方面的优点是显而易见的。
4、由于含硫量低，使得二氧化硫和硫化物的排放量低，可减少30%的排放量，有催化剂时可减少排放量70%以上。
5、燃烧残炭低（0.02%），即废气中微小颗粒物含量低。
6、生物柴油中不含对环境造成污染的芳香族烷烃，因而废气对人体损害低于矿物柴油。检测表明，与矿物柴油相比，使用生物柴油可降低90%的空气毒性，致癌物排放量降低94%。
7、生物柴油的生物分解率高（三星期后分解率：生物柴油98%，矿物柴油70%），有利于环境保护。
8、由于生物柴油分子中含有氧原子，燃烧较为完全，废气中没有CO、NOX（各种氮氧化合物）。苯并芘及二噁英等毒素，故为绿色燃料。
9、由于生物柴油燃烧所排放的二氧化碳远低于植物生长过程中所吸收的二氧化碳。因此，与使用矿物柴油不同，理论上其用量的增加不仅不会增加，反而会降低因二氧化碳的排放而导致的全球变暖这一有害人类的重大环境问题。
10、作为可再生能源，与石油储量不同，其通过农业和生物科学家的努力，可供应量不会枯竭。原料供应有保证，价格较稳定。油料作物增产空间大，加之转基因技术可使油菜籽含油达70%左右，有降价空间。
11、燃料油供应不受欧佩克（石油输出国组织）的控制，更有利于国际石油市场的稳定。