公司的机构设立：总经理1名；副总经理2名；秘书档案部、人力资源部、综合管理部、财务管理部、研究开发部、技术服务部、网络信息部、生产管理部、市场销售部等机构。
公司以邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，全面贯彻科学发展观，坚持新时期我国建设创新型国家的战略选择和“自主创新、重点跨越、支撑发展，引领未来”的科学工作指导方针，坚持“继承与创新并重，培育与种植协调发展”的中草药现代化发展指导思想。
公司根据云南省委、省政府十分重视生物开发，按照中央加快西部大开发的战略方针，打造天然药物产业为重点，实现社会经济历史性跨越式发展，全面建设小康社会而努力。
公司本着以贯彻科学发展观为指导，构建云南中草药现代化科技创新平台。依托科技种植实验基地和规范化（GAP）种植技术指导中心，进行直属研究实验，示范生态保护基地为核心。目前基地已有三千余亩，种植多达47个品种，住房1000余平方米，设有抽水房1个，储水池1个，水井15个。将进一步建设孵化试验研究中心，培训学员的食宿及教室，完善基地设施，为我省实现富民兴滇的宏伟目标发挥重要作用。
公司主要任务：研究濒危、道地、中草药生态环境及繁育方法，引进驯化异地中草药，扩大科学种植能力，提高连琐配套种植水平确定SOP标准。选育优良籽种、种苗，提供专用肥、专用农药，副产品综合利用生产。全程指导产业化发展，规范化管理，标准化加工。以高产率、高质量、高药效、高诚信，服务于社会。打造品牌，强化企业的同时，以“继承、发展、创新、国际化”的中草药种植现代化和产业化发展相结合，引进和培育相结合，科学种植和实地情况相结合，为协会提供合格的籽种、种苗，协助协会办好培训工作，负责协会所发动的种植产品回收，坚持“自主创新、重点跨越、支撑发展，引领未来”科技工作指导方针，坚持“继承与创新并重，培育与种植协调发展”的中草药现代化发展统揽全局，为实现中草药现代化建设，促进中药国际化进程作出更大贡献。